Работа иммобилайзера организована следующим образом: при включении зажигания блок иммобилайзера на короткое время подает высокочастотный сигнал на катушку связи с чипом ключа и ждет код ответа через эту же катушку.
Через этот высокочастотный сигнал и осуществляется питание и связь с чипом в ключе. В некоторых системах иммо передает и уникальный код запроса, говорящий чипу ключа о том, что чтение производится «родным» автомобилем (практически все европейские и японские автомобили с 2000 года). В ответ чип отправляет свой персональный код. Принятый код сравнивается с кодами записанных ключей в памяти иммобилайзера, и если он совпадает, то устанавливается связь между иммобилайзером и блоком управления двигателем.
Связь происходит в цифровом виде или по К-линии или по шине CAN и представляет собой запрос-ответ. ECU передает иммо 4 байта случайного числа, иммо шифрует эти байты определенным образом и отдает 4 байта ответа обратно моторному блоку.
Если все происходит правильно, то разрешается запуск двигателя. Если на каком либо этапе происходит сбой, двигатель заводится и сразу глохнет. Прерывается как работа бензонасоса, так и импульсы на форсунки и подача искры на свечи. Запрет запуска идет на программном уровне.